Em 1892 o governo do estado interveio na administração da empresa e obrigou a fusão com a Cia Ytuana na tentativa de melhorar a situação financeira da Sorocabana, criando a CUSY (Companhia União Sorocabana e Ituana).
Essa fusão não obteve os resultados esperados e em 1903 teve a sua falência decretada e a empresa foi encampada pelo governo federal que a vendeu para o governo do estado de São Paulo no ano de 1905.
Em 1907, o governo do estado deu a concessão da estrada de ferro à Percival Farquhar, dono da Brasil Railway que controlava grande parte das ferrovias em outros estados.
E como não podia deixar de ser, os políticos daquela época deram um jeito de ajudar a falir a empresa de Farquhar e em 1919, com grande pressão dos deputados paulistas, a ferrovia foi devolvida ao governo do estado que passou a investir grandes cifras em sua infraestrutura.
Em 1922, alcançou o extremo do estado, chegando a Presidente Epitácio. Nos anos 30, com a construção da Mairinque-Santos, a Sorocabana alcançou o porto de Santos e quebrou o monopólio da SPR (até então, a única ferrovia que tinha acesso ao porto).
Como todas as outras ferrovias, foi incorporada em 1971 à FEPASA, que por sua vez, foi concedida ao governo federal como parte de pagamento do ROMBO DO BANESPA no governo do Sr. Mário Covas em 1997 por míseros 350 milhões de reais.
Atualmente só trens de carga circulam pelo seu antigo leito, e como em centenas de outros lugares do Brasil, suas estações na grande maioria, encontram-se em estado deplorável de conservação, salvo algumas onde prefeituras executaram trabalho de restauração e conservação.
